「五十一心所」之「六根本煩惱」為：一、貪。二、瞋。三、 慢。四、煩惱無明。五、煩惱疑。六、煩惱見。
貪
見到有漏事物的悅意本質後，極想追求爾等的心所。如看見並緣取可愛的身、食、衣、財等時，不想離開 爾等的執著欲望。其他煩惱形同乾布上的灰塵，容易淨除，但貪形同油布上的灰塵，極難淨除。貪的作用為：生起自果痛苦。
嗔
緣取瞋境三者的其中一者後，產生的不忍、怨 氣，以及帶有害欲的心所。 瞋境三者為:有情、自續痛苦、利器及荊棘等苦源。害心我伴仇，三時非理疑， 損害他人心，皆從九因起。
論中說到瞋的九因：疑心(某有情)過去害我、現在正在害我、將來會要害我等三。疑心(某有情)過去害我親友、現在正在害我親友、將來會要害我親友等三。疑心(某有情)過去幫助我的仇敵、現在正在幫助我的仇敵、將來會幫助我的仇敵等三，共九種疑心。
瞋的作用：生氣的人無法行善、面孔變得猙獰、會被他人厭惡、無法和其他所有人和睦相處、令所有人反感、身語意三門轉為汙穢等;以上諸多過失，都是親眼可見的事實。
慢
緣取自身優勢，如財富、功德等某種德相後，產生驕傲行相的心所。
緣取自己的財富種族，或小至聲音好 聽、力量強大等所產生的驕傲，彷彿從山頂俯瞰，覺得他人卑微，而自己高高在上的想法，或是鄙視他人於低處、自己處於高處的行相。
慢的作用為：阻礙對他方的尊重，以及阻礙功德的增上，且係產生痛苦的所依。
無明
無明的性質為：以愚昧行相趨入己境的心所。
無明。一般而言，誠如「未見」、「不明白」的說法般，無明就是在「明白」的前面加上否定詞，而稱為無明、 未見、不知、不明。像是閉上眼睛後，眼前呈現一片昏暗，無法見到外在色法，而無法知道境相為何的無知。無明的作用為:由彼產生其他煩惱，由煩惱生業，由業生苦故，是一切煩惱及過失的所依。
煩惱疑
緣四諦或業果等法後，所產生猶豫二邊的心所。
例如：「我是不是無常」的二邊惑。或如趕路時，對所行之路是否正確的疑惑，將會成為彼行的阻礙，煩惱疑也會障礙看到真相。疑的作用是：障礙如實取捨。
煩惱見
以自力對於自境顛倒執持的邪慧。
見的作用：對於任何真實的法，顛倒執持的見解。