「密集金剛」法門的由來
說明《密集金剛》的傳承時，桑東仁波切提到「烏金宇」這個地方，位於印度和巴基斯坦附近，現在的名稱是「撒瓦爾達」。以前安多有一位很有名的上師「安多甘珠確貝」，曾經去印度學習。他不僅僅是聽聞而已，也曾到印度的「烏金宇」仔細研究，後來在《密集金剛根本續》上寫下「撒瓦爾達」，梵文翻譯稱為「烏金宇」。
那個地方的王子「甲波恩札布度」，一日在外時，見有一物，像似穿著袈裟在空中飛來飛去，他疑惑空中之物是鳥亦或是人。因為王子身邊高人不少，王子於是問眾人，空中飛翔之物到底是一隻大鳥還是人。座中有一聰慧修行之人，此人深知名「釋迦牟尼」已成道者，早上由西方到南方傳法，下午圓滿後返回，如此於空中往來飛去，於是向王子如此解釋。王子初聞「釋迦牟尼」名號，或由於宿業因緣，油然生起特別的感覺，於是當下決定邀佛前來。釋迦牟尼佛應邀而至後，王子遂向佛請法。佛告訴王子，你應該出家。由於王子身分尊貴也表明了不願意出家，於是問佛是否有適合在家修行的法類傳承，佛答允之。夜晚時分，佛化現為金剛總持，由觀想現出壇城，傳授王子《密集金剛根本續》，時王子及其眷屬丶天丶龍等眾多具福德之眾生同來集會，參與此盛事。
「密集金剛根本續」集結由來
會中大眾對於《密集金剛根本續》的內容多有不解之處，逐一向佛請益。後人將此會中大眾與佛之間的問答，集結整理成六冊問答集。梵文中詳載了完整的六冊，而由梵文轉翻的藏譯本，卻少了一冊，此冊記載了當時空行母請益佛的內容，所以藏譯本只有五冊。
後來王子及其眷屬和那一帶的所有人，都因修此密法而成就，所以「烏金宇」這個地方就空了。此後這個地方因為下雨成為一個湖泊，住在湖中有一位龍女，專修此根本續而得成就。她傳授許多龍族《密集金剛根本續》，這些龍族也因修此密法而獲得成就。由此得知，不具人身的眾生也能透由修持《密集金剛根本續》而得殊勝成就。
下密院「密集金剛」傳承法脈
「甲波恩札布度」之後將此密法傳給帝洛巴，帝洛巴傳那洛巴，那洛巴傳馬爾巴。馬爾巴譯師將《密集金剛根本續》翻譯成幾個譯本；另外有一位譯師「洛扎仁千桑布」也翻譯了此根本續。後來雖然翻譯《密集金剛根本續》的人不少，但當中最有名的就屬這兩位譯師的譯本。
馬爾巴譯師之後續傳，以格魯派來說，傳至一位上師「確滇汪幾多傑」，後傳給「賈唐巴雖南仁千」，再傳給「次列巴雖律貝」，然後傳給「烏金確古烏且」，再傳給「帕巴烏金雖多」，然後傳給「庫得布多仁千」，之後直接傳至宗喀巴大師。以上下密院的傳承來看：下密院是由宗大師直接傳給上師「傑尊喜饒僧格」，而「傑尊喜饒僧格」的傳承就一直沿用之今；上密院則是由上師「傑尊喜饒僧格」傳給「傑尊貢噶敦珠」。
「密集金剛根本續」之殊勝功德
眾生雖造無間罪， 亦作廣大眾罪惡， 於此金剛勝乘海， 殊勝乘中得成就 。 ——《密集金剛根本續》〈第五品〉
傳密法的時候，無上密需要一個壇城。一般的壇城，最外圍會有一圈表述輪迴的生老病死，但是《密集金剛》的壇城沒有這個部分，這有兩種解釋：其一是當時傳法的當機眾是王子，因為身分尊貴之故，身邊不能出現這些老病死，有這樣一說。真正的原因是，壇城外圈的生老病死圖表述出離心，而那時的王子其實不是一般人，修行已經有一定的程度，所以不需要特別再強調出離心的部分，所以當時壇城中沒有畫出來。
《密集金剛根本續》總共有十七品，在上丶下密院平時只修前面的十二品，為什麼不修後面的五品呢，因為後面五品的內容都已經含攝在前面十二品當中了。
趨入於此身語意， 金剛瑜珈之行已， 抑或讀誦或心念， 彼亦猶如金剛持 。 ——《密集金剛根本續》〈第十一品〉
修習《密集金剛根本續》的人，即使尚未通達此密法內容，於內來說即等同金剛總持。這和一般的法本不同，即使只是看一眼丶讀誦或書寫此密法的人都必須具備相當大的資糧。正是因為《密集金剛》屬密法當中的無上密，已經是最高的法。
密法殊勝難得
我們說現今是賢劫千佛第四尊佛弘法的時期，賢劫千佛中有傳密法的，嚴格說來只有第四尊佛。如果以辯經的思惟理路來推的話，第十一尊佛一定有密法。為什麼這麼說呢，宗大師成道後會成為賢劫第十一尊佛，那個時期一定有密法。因為在當今的教法中，撰寫最多密法的人就是宗喀巴大師，其十八部著作中，有十一部都是密法。因此推論，宗大師在成就為第十一尊佛時，其教法中必定有無上密的法類。此外，賢劫最後一尊佛也必定有傳講密法，那是因為他在因地中曾經回向，如同之前九百九十九尊佛所弘傳之法，我也必定如是廣弘之。於是可以推論，既然第四尊佛已經宣說無上密法，最後一尊因願力之故，也會在其教法時期弘傳密法。由此可知，長劫中遇佛住世實屬難得，而有佛住世且宣講密法更是難能可貴，因為於千佛中會宣講密法的佛少之又少。
無上密續
無上密分為「生起次第」和「圓滿次第」；前者又分為細的部分和粗的部分。在解釋無上密時，有分為六種丶五種和四種的類別，這只是分法上的不同，實際上沒有差別。以六種作為分類時，分成身遠離丶語遠離丶心遠離，是以這三個部分分類作說明。以五種分時，是將身遠離和語遠離合在一起，最初先說明語遠離和心遠離，然後說明幻身丶光明丶雙運。以四種分時，是將三種遠離合在一起，先說明語遠離，之後說明幻身丶光明丶雙運。所以只是分法上的不同而已。
最完整的幻身教授「密集金剛根本續」
在《密集金剛根本續》的內容中最重要的是「幻身」的部分，（在無上密法中分為父續和母續，父續著重在「幻身」的部分；母續著重在「光明」的部分。）「幻身」又分為清淨的幻身和不清淨的幻身。所謂「不清淨」，在無上密中的解釋是指「尚未斷除無上密的煩惱障」；而一剎那所生起的本尊是屬於「清淨」的化身，因為透由觀想生起的已經不是凡夫了。
平時我們接受《密集金剛》灌頂或修誦時的儀軌，最開始並不是儀軌法本的形式，而是根本續的形態。由於根本續的內容不易理解，所以當時印度那爛陀的上師們才加以註釋解說，寫成許多法本。後來輾轉傳到西藏後，因為內容中如「生起次第」等等的難度很高，才又有上師們另外加以註釋說明如何次第作觀。
根本續中關於自生本尊丶對生本尊；灌頂時的寶瓶灌頂丶密秘灌頂丶智慧灌頂丶辭句灌頂等等，而寶瓶灌頂又可再細分為五方佛的灌頂和上師的灌頂等等，這些相關的內容都有詳細說明。僅僅透由閱讀要能夠理解根本續中這些內涵相當不容易，於是上師們把實修經驗以循序漸進的方式寫入儀軌中，方便修持者依循儀軌次第觀想自生本尊丶對生本尊丶作加持等等。